Watten, grâce à la présence de boisements et du marais, possède un biotope favorable à un bon nombre d’espèces. C’est aussi un des premiers espace boisé que rencontrent les oiseaux en provenance du littoral. Watten présente des sites à fort intérêt écologique pour la flore. Des espèces remarquables ou menacées sont présentes dans la commune, notamment sur le site de la Montagne, et à son sommet le bois de l’abbaye. Le paysage wattenais est très diversifié: ville basse avec son canal, ville haute avec son moulin et son abbaye.
L’avifaune
Le Bois Royal de Watten et le bois de l’abbaye sont des endroits favorables pour l’avifaune (espace protégé au titre du SCOT, ZNIEFF de type 1 (sites n°23-4 et 23-5) et Espace naturel sensible du Conseil général du Nord) : Mésanges charbonnières et bleues, Chouette chevêche, Pigeon colombin, Accenteur, Troglodyte, Pouillot véloce, Fauvette à tête noire, Pie, Corneille, Hibou moyen-duc, Faucon crécerelle, Bondrée apivore, passereaux nicheurs, Martin pêcheur, et Faucon pèlerin.
Les libellules
C’est au Lac Bleu que l’on trouve le plus de libellules : 26 espèces y sont recensés dont l’Aeschne printanière et le Sympetrum noir, le Sympetrum jaune d’or.
Les reptiles et les amphibiens
Le Lac Bleu et les prairies bocagères périphériques constituent en outre des milieux remarquables attirant des reptiles et des amphibiens. On recense 3 espèces de reptiles au Lac Bleu dont la Couleuvre à collier et l’Orvet. 6 espèces d’amphibiens ont été recensés au Lac Bleu (dont le Triton crêté qui y a déjà été observé).
Les grands et petits mammifères
Le Chevreuil est un cervidé qui vit dans les bois. On peut l’observer sur le Site naturel du Lac Bleu, et parfois dans le bois de l’abbaye ou sur les pentes de la Montagne de Watten. La Chauve-souris est un mammifère, le seul capable de voler. A Watten, les derniers recensements montrent la présence de 30 à 40 individus à l’abbaye, dont le Murin à moustaches principalement, mais aussi le Murin à oreilles échancrées et le Murin de Natterer. Le Lérot ou Loir des greniers est un rongeur nocturne présent sur la commune.
Les espèces remarquables
Le Chardon-Marie, de la famille des Astéracées, est le seul représentant du genre Silybum (« chardon comestible » en latin et grec). Il est reconnaissable à ses feuilles marbrées de blanc. Fréquent sur le pourtour méditerranéen, il est quasi-absent au nord de la Loire.
Des Orchidées comme la Listère à feuilles ovales et l’Épipactis à larges feuilles sont présentent dans le bois de l’abbaye. La Listère à feuilles ovales est une plante vivace de couleur verte, aux racines nombreuses, qui fleurit de mai à juillet. L’Epipactis à larges feuilles est une plante d’ombre, à rhizome, qui fleurit en sous-bois en juillet. Elles sont classées sur la liste rouge des espèces menacées en France en « préoccupation mineure ».
Le Bois Royal est le lointain survivant des forêts recouvrant le territoire des Ménapiens et des Morins à l’Antiquité. Au Moyen-âge le bois appelé alors « forêt de Beaulo » fournissait le bois de construction. Un important marché au bois se tenait au Quiwal, au nord de l’actuelle forêt d’Eperlecques. A la Renaissance le bois servait à la construction des palissades et au recouvrement des chemins couverts de la fortification (XVIIe siècle). En 1744, la visite de Louis XV à Watten, en partance pour Calais, laissa son empreinte dans la dénomination du « Bois Royal » de Watten. Pendant la Seconde guerre mondiale, une rampe de lancement de V1 longue de 70 mètre fut installée par les allemands dans le bois. Le bois présente des habitants originaux et complémentaires : chênaie-pédonculée à Primevère acaule, présence de la Laîche vert-jaune, petite Cyperacée des sols pauvres acides.
Le bois de l’abbaye est de création relativement récente. Sur les rares plans du site, les arbres tiennent une place restreinte. Dans le bois de l’abbaye se répartit près d’une centaine d’espèces, telles que la Violette des bois ou la Renoncule à tête d’or. La présence d’Orchidées comme la Listère à feuilles ovales et l’Épipactis à larges feuilles indiquent la maturité des lieux. Le Bouton d’or et la Jacinthe des bois subsistent en bordure du bois. Le tapis végétal du bois de l’abbaye est remarquable pour ses qualités esthétiques dues à ses floraisons variées : Violette, Ficaire, Véronique petit chêne, Epilobe en épi, Herbe à Robert, Epipactis et Jacinthe des Bois de variété rose. Le Jonc profite des endroits hygrophiles, tout comme la Marguerite en milieu fauché.
Le paysage wattenais
Du haut du mont, de nombreux points de vue s’offrent aux visiteurs, vers la Plaine maritime, l’Audomarois, la Flandre intérieure et les collines de l’Artois.
